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Les unités fonctionnelles de diagnostic sont organisées autour des principales filières cliniques du CHU de Lille :

• Réanimation médicale
• Cœur-Poumon (Pneumologie, chirurgie thoracique, cardiologie)
• Mère et Enfant (2 unités fonctionnelles)
• Soins de suite et rééducation longs séjours
• Médecine spécialisée
• Chirurgie (2 unités fonctionnelles)

Ce sont des unités polyvalentes réalisant l'ensemble des diagnostics, à l'exception des diagnostics moléculaires.

Avec l'essor des technologies en microbiologie, le Service de Bactériologie-Hygiène est équipé des matériels les plus récents : ensemenceurs automatiques, cytomètre en flux pour les urines, spectromètre de masse MALDI-TOF, chambre anaérobie, par exemple.