>> Service de Bactériologie - Hygiène > Plateau commun de biologie moléculaire
Un grand nombre de diagnostics moléculaires ont été mis au point dans l'unité fonctionnelle de biologie moléculaire.
- Agents infectieux recherchés par PCR :
- Bordetella pertussis (IS481 et toxine)
- Borrelia burgdorferi sensu lato
- Chlamydia pneumoniae
- Chlamydia trachomatis
- Clostridium difficile
- Legionella pneumophila
- Mycoplasma pneumoniae
- Complexe Mycobacterium tuberculosis
- Mycoplasma genitalium
- Neisseria meningitidis et sérogroupage moléculaire
- Nocardia spp.
- Pseudomonas aeruginosa (détection et quantification)
- Staphylococcus aureus (détection et quantification)
- Streptococcus pneumoniae
- Tropheryma whipplei
- Agents du bioterrorisme
- Toxines recherchées par PCR :
- Vérotoxine d'Escherichia coli et autres toxines d'E. coli
- Leucocidine de Panton Valentine
- tcdB
- Corynebacterium diphtheriae
- Gènes de résistance recherchés par PCR
- mecA
- van A, B, C1, C2
- VEB-1
- Mutations recherchées par séquençage
- Gènes rpoB, katG, inhA, gyrA
- Identification bactérienne par séquençage
- Gènes d'ARNr 16S, sodA, sodB ,hsp65, rpoB
- Etude épidémiologique
- par analyse des fragments de macro-restriction du DNA bactérien par électrophorèse en champs pulsés
- par PCR aléatoire (Random Amplification of Polymorphic DNA)
- par ribotypage
- par séquençage de certains gènes
- VNTR (en cours de mise au point pour le CNR Haemophilus)