SARS-CoV-2 (COVID-19) : Séquençage NGS
Pathologies associées : COVID-19 = maladie à déclaration obligatoire Date de mise à jour : 25/10/2023 - Fiche validée par : A. GUIGONVous travaillez dans un service de soins
Vous devez prélever :
- Les prélèvements sont ceux recommandés pour le diagnostic initial COVID-19 :
-> Prélèvement des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé / écouvillons Virocult, UTM, E-swab, M4RT, ou aspirations)
-> Prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d'atteinte parenchymateuse).
Le NGS peut aussi être rajouté à postériori sur un prélèvement déjà présent au laboratoire.
Conditions de transport :
Acheminement rapide au laboratoire à température ambiante, sinon conservation à 4°C.
Observations particulières :
Le NGS Covid se réalise uniquement sur des prélèvements diagnostiqués positifs pour le SARS-CoV2 (Covid) avec un Ct < 28 et pour des indications limitées (suspicion de nouveau variant, retour d'un pays étranger, cluster, échec de vaccination, cluster, patient immunodéprimé, ...)
Fiche de renseignement NGS SARS-CoV-2 obligatoire.
- Les prélèvements sont ceux recommandés pour le diagnostic initial COVID-19 :
-> Prélèvement des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé / écouvillons Virocult, UTM, E-swab, M4RT, ou aspirations)
-> Prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d'atteinte parenchymateuse).
Le NGS peut aussi être rajouté à postériori sur un prélèvement déjà présent au laboratoire.
Conditions de transport :
Acheminement rapide au laboratoire à température ambiante, sinon conservation à 4°C.
Observations particulières :
Le NGS Covid se réalise uniquement sur des prélèvements diagnostiqués positifs pour le SARS-CoV2 (Covid) avec un Ct < 28 et pour des indications limitées (suspicion de nouveau variant, retour d'un pays étranger, cluster, échec de vaccination, cluster, patient immunodéprimé, ...)
Fiche de renseignement NGS SARS-CoV-2 obligatoire.
Vous travaillez dans un laboratoire
Vous devez nous acheminer :
- Les prélèvements sont ceux recommandés pour le diagnostic initial COVID-19 :
-> Prélèvement des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé / écouvillons Virocult, UTM, E-swab, M4RT, ou aspirations)
-> Prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d'atteinte parenchymateuse).
- Quantité requise: 1 mL.
Conditions de transport :
Acheminement rapide au laboratoire à température ambiante, sinon conservation à 4°C.
Observations particulières :
Le NGS Covid se réalise uniquement sur des prélèvements diagnostiqués positifs pour le SARS-CoV2 (Covid) avec un Ct < 28 et pour des indications limitées (suspicion de nouveau variant, retour d'un pays étranger, cluster, échec de vaccination, cluster, patient immunodéprimé, ...)
Fiche de renseignement NGS SARS-CoV-2 obligatoire.
- Les prélèvements sont ceux recommandés pour le diagnostic initial COVID-19 :
-> Prélèvement des voies respiratoires hautes (naso-pharyngé / écouvillons Virocult, UTM, E-swab, M4RT, ou aspirations)
-> Prélèvement des voies respiratoires basses (crachats, liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA), aspiration trachéo-bronchique en cas d'atteinte parenchymateuse).
- Quantité requise: 1 mL.
Conditions de transport :
Acheminement rapide au laboratoire à température ambiante, sinon conservation à 4°C.
Observations particulières :
Le NGS Covid se réalise uniquement sur des prélèvements diagnostiqués positifs pour le SARS-CoV2 (Covid) avec un Ct < 28 et pour des indications limitées (suspicion de nouveau variant, retour d'un pays étranger, cluster, échec de vaccination, cluster, patient immunodéprimé, ...)
Fiche de renseignement NGS SARS-CoV-2 obligatoire.
Documents associés
Techniques / informations pratiques
Méthode : Next Generation Sequencing genome
Urgence (O/N) : Non
Urgence (O/N) : Non
Interlocuteurs
Laboratoire exécutant : Virologie
Heures d'ouvertures : 24h/24
Praticiens :
Dr Enagnon Kazali ALIDJINOU
Dr Aurélie GUIGON
03 20 44 69 30 (Secrétariat)
enagnonkazali.alidjinou@chru-lille.fr
aurelie.guigon@chru-lille.fr
Heures d'ouvertures : 24h/24
Praticiens :
Dr Enagnon Kazali ALIDJINOU
Dr Aurélie GUIGON
03 20 44 69 30 (Secrétariat)
enagnonkazali.alidjinou@chru-lille.fr
aurelie.guigon@chru-lille.fr
Tarification
Cotation :
B 500
Identifiant (NABM ou HN) :
9007
Libellé(s) NABM ou HN (RIHN ou LC) :
Forfait séquençage
B 500
Identifiant (NABM ou HN) :
9007
Libellé(s) NABM ou HN (RIHN ou LC) :
Forfait séquençage
Les informations ci-dessus vous permettent de connaître dans quel secteur l'analyse est réalisée, avec quelle méthode, quel délai (hors examens complémentaires ou associés), à quel coût, etc ...